Команду «Мяу Мяу» возглавляет главная героиня по имени Итиго Момомия, чьей первоочередной задачей является собрать ещё четырёх Мяу Мяу: Минт Айдзаву, Летус Мидорикаву, Пурин Фон и Дзакуро Фудзивару. Итиго влюбляется в Масаю Аояму и становится его девушкой, хотя и скрывает от него свою вторую сущность. Антагонистами сериала выступают пришельцы Киссю, Пай, Таруто и их лидер Глубокая Синева. Ранее они жили на Земле, но вынуждены были покинуть её из-за ужасных изменений в окружающей среде. Они вернулись для того, чтобы вернуть Землю себе и уничтожить людей, которых они считают виновными в разрушении планеты. В Tokyo Mew Mew a la Mode ученица средней школы Бэрри Сираюки становится шестой Мяу Мяу и временно заменяет Итиго на посту лидера команды. Также в сиквеле представлены новые злодеи — группа «крестоносцев Святой Розы», желающая создать в мире утопию. Возглавляемая Дюком группа несколько раз пытается убить Бэрри и в конечном счёте при помощи гипноза направляет местное население против Мяу Мяу.